华大生科讯（通讯员：彭钊）蓝藻（Cyanobacteria）是一类能够进行光合自养的原核生物，被认为是真核生物叶绿体的起源，是研究光合作用的重要的模式生物。作为生命活动的主要承担者，蛋白质很少单独行使功能，而是通过与其他蛋白形成瞬时或稳定复合物来完成职责。因此研究蛋白质的相互作用（Protein-protein interaction, PPI）是解析其生物学功能和相关生理机制的关键之一。近年来，随着蛋白质组技术的发展，PPI信息不断累积，从而催生STRING、IntAct等PPI数据库的建立。然而，与人类、小鼠和其他模式生物相比，蓝藻相关的资源在这些多物种数据库中比例非常小，给相关领域的研究人员带来不便。
近日，我院万翠红教授课题组在Plant Physiology发表了题为“CyanoMapDB: A Database Integrating Experimentally Validated Protein-Protein Interactions in Cyanobacteria”的研究论文，构建了蓝藻PPI数据库CyanoMapDB (http://www.cyanomapdb.msbio.pro/)，该网站整合了蓝藻中6789个蛋白质之间的有实验证据支持的52304个PPIs。CyanoMapDB从现有的UniProt、STRING和IntAct等数据库和已发表的文献中搜集蓝藻PPIs信息，并且从五种模式蓝藻（PCC 6803, PCC 7120, PCC 7942, ATCC 51142, NIES-592）的共分馏质谱（Co-fractionation MS）数据中挖掘PPIs信息，将以上来源的PPIs进行了整合并提供了相互作用网络的可视化。在该数据库网站中，可以基于蓝藻蛋白的基因名、UniProt ID或是关键词对蛋白对应的PPIs信息进行搜索。搜索结果将展示蛋白质信息，相应的PPIs以及Network：包括目标蛋白在五种模式蓝藻中直系同源蛋白的信息；PPI信息的证据来源；以及根据目标蛋白的PPI以及其证据来源生成可定制的相互作用网络。该数据库将为蓝藻的研究提供有力的数据支持。
此研究由我院万翠红教授和计算机学院的蒋兴鹏教授合作完成，博士后彭钊与硕士生李加强为论文共同第一作者。此研究得到了国家自然科学基金与中央高校基本科研基金的资助。
审读人：谢波/编辑：付玉
